Program Studi Pendidikan Geografi S2 diselenggarakan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor: 434/E/O/2014, pada tanggal 2 Oktober 2014. Program Studi Magister Pendidikan Geografi ditujukan untuk memfasilitasi peningkatan kualifikasi dan kompeensi pendidik dalam bidang Geografi di sekolah dan Perguruan Tinggi. Penyelenggaraan prodi S-2 Pendidikan Geografi PPs UNY ini mendapat peringkat Akreditasi B dengan SK BAN-PT Nomor: 4764/SK/BAN-PT/Akred/M/XII/2017 tertanggal 12 Desember 2017.

Kompetensi lulusan program studi Pendidikan Geografi adalah:

1. Merancang pembelajaran bidang studi Pendidikan Geografi;

2. Melaksanakan pembelajaran secara efektif dan efisien;

3. Mampu memotivasi siswa untuk belajar secara aktif, efektif dan efisien;

4. Merancang dan melaksanakan penilaian hasil belajar Geografi yang komprehensif.